有機肥與農業廢棄物有著密切的關系。農業廢棄物是指在農業生產中所丟棄的剩余物，數量大，種類多。農業廢棄物中含有大量的有機質，尤其是農作物秸稈和畜禽糞便中有機質含量非常高，蛋白質、纖維素等含量豐富。那么有機肥的基本制造工藝有哪些呢？
1、垛式有機肥系統
垛式有機肥系統是目前較為常見的有機肥系統。垛式有機肥系統按通氣方式分為條垛式和靜態通風垛式，條垛式系統是將秸稈和糞便的混合物堆積成窄長垛形，利用翻拋機械進行定期的翻拋，通風，保持物料堆中時刻都有適當的氧氣。靜態通風垛式系統是將發酵原料堆積成垛，與條垛式系統相比不同的是，在堆肥發酵期間不用翻堆，通過曝氣設備來完成有機肥的生產。專業的有機肥大多采用這種系統。
2、槽式發酵有機肥系統
將農作物秸稈鋸末和微生物發酵菌劑混合好，倒入發酵槽中鋪放好，儲糞槽在兩邊發酵槽中間，儲放著新鮮禽畜糞便。糞污通過噴淋機工作，定期加在發酵槽中，發酵過程產生的生物熱提高發酵溫度殺滅有害病菌，但不能使溫度過高，溫度過高影響發酵菌劑活性。槽式發酵有機肥系統目前也較為常見。
3、攪動固定床式有機肥系統
攪動固定床式有機肥系統是將新鮮的畜禽糞便、微生物發酵菌劑及其他發酵輔料混合均勻后輸入反應發酵倉內。發酵倉是多層平面結構，物料在發酵倉內通過翻板的翻動從初層逐層下移，根據發酵的程度，各平面間發酵的時間不同，在發酵倉下部，多根支管組成的通氣管連接風機進行通風，滿足發酵所需氧氣量，利用發酵的產熱，加快發酵速率，產物經除臭、脫水、干燥等處理制成有機肥。
近幾年，國家對綠色農業、生態農業、有機農業、科技農業越發重視，農業廢棄物資源化利用也得到廣泛的關注。國家也出臺了許多相關政策，大力支持農業廢棄物發酵有機肥行業的發展；國內許多高校與科研院所，也投入了大量的精力研究農業廢棄物發酵有機肥?？诒玫挠袡C肥未來值得信賴。