生物菌肥的顯著優勢就是其含有大量有益菌群可以增加土壤的有益微量元素，降解藥殘和重金屬殘留從而調節和改善土壤環境。大受好評的生物菌肥之所以效果好與其正確的施用方法分不開，如果施用方法不正確也會影響到生物菌肥的功效，接下來介紹下生物菌肥的正確施用方法。
一、施用周期
眾所周知生物菌肥的菌群生命力非常頑強，所以高質量的生物菌肥的肥效持續時間也較其他肥料要長很多肥效可以長達半年左右，所以如果種植戶使用生物菌肥的話一般一季作物施用一次即可，這樣的施用周期不僅能夠滿足作物的生長需求，還可以避免因多次施肥而給農戶帶來勞動力壓力。
二、施用位置
簡單的生物菌肥因為不對農作物的根系及種子造成任何傷害，所以在施肥時應該盡量將其施用在靠近作物根系的位置，讓其可以與農作物根系很好的接觸才能更大化的發揮生物菌肥的作用。很多種植戶不了解生物菌肥的施肥特性所以都是將其撒施于地表，這樣的施用方法根本無法讓生物菌肥發揮作用，正確的施用位置是將其埋于土壤中并且靠近農作物的根系部位。
三、施用配料
生物菌肥的有益微量元素含量非常高，但是其須要施于土壤半個月左右后才能開始發揮其作用，而有益微生物也需要結合空氣中的氮元素才能復蘇，所以高質量的生物菌肥在施菌肥過程中搭配少量的氮肥更好不過。生物菌肥與有機肥料的搭配使用可以加快改善土壤的速度，也可以提升土壤有機質的含量從而提升土壤中生物菌群的活性。
使用生物菌肥的益處很多，但是因為其在覆土之前很容易因為日照的關系而影響效果，大風天氣還容易被吹散，所以建議廣受好評的生物菌肥還是要與有機肥料搭配使用較好，而且在注意施用的位置。另外生物菌肥還可以與營養土混合使用，可在蔬菜定植時使用穴施或溝施的方法利于蔬菜育苗的生長。