農民在選用肥料時會綜合養分濃度以及供肥效果等幾種進行斟酌，傳統的化肥由于養分過于單一目前已經被更替，生物菌肥成為了其接班人。以目前的市場來看各種生物肥和化肥等仍然間接使用和混合使用，那么為什么要將生物菌肥與其它的肥料搭配使用呢？
一、相互促進取長補短
比如有機肥與生物菌肥的共同搭配可以使植物生長的速度更快，通過取長補短和相互促進的方法來提高其整體的繁殖質量，因為生物菌肥與其他肥料搭配后可以促進有機肥的腐殖，而且即便是大面積使用也不會造成影響，讓生物菌肥與其他肥料的營養素相互綜合。
二、降低整體價格
比如以施用化肥為例，由于它的價格較高對于大型承包戶或者種植園以及農場主來說顯然會增加投資，化肥又是促進植物生長的重要基礎，而如果將化肥與生物菌肥配合使用，既降低了化肥的使用比例又間接的提高了作物的吸收量，質量有保證生物菌肥還能夠降低整體的成本價格。
三、提高作物的抗逆能力
將生物菌肥等幾種肥料共同使用可以使得有機物的指數明顯增加，有機物指數增加是提高植物抗病蟲害能力的重要基礎，通過提高作物抗逆能力必然會實現高產和穩產，而且往往土壤當中會有一定的無效鉀和無效磷等（這也是生物菌肥要求混用的原因），通過生物菌肥也可以使其轉變為有效營養提高肥效降低用量。
此外許多農場主之所以要將生物菌肥與其他肥料配合使用來提升效率，由于生物菌肥與其他肥料的不同所以耕深深度、施用頻次和比例上均需要根據實際情況斟酌而定，同時各位在施用肥料時也無需追求迅速吸收，以“對土壤破壞小，對植物作用大”為施用前提。